El contenido de proteína en las semillas es una característica crítica en la mejora del soja, ya que proporciona una fuente principal de proteína de alta calidad tanto para el consumo humano como para la alimentación animal. Este estudio tuvo como objetivo mejorar la selección asistida por marcadores moleculares para variedades de soja de alto contenido proteico mediante el desarrollo de marcadores de Reacción en Cadena de la Polimerasa Específica de Alelos Competitivos (KASP) dirigidos a loci asociados con el contenido de proteína en las semillas. Se identificaron diecinueve marcadores con alta eficacia de genotipificación a través de un cribado. Utilizando SN76 (una línea de alto contenido proteico) como padre masculino y SN49 y DS1 (ambas líneas de bajo contenido proteico) como madres, se seleccionaron 484 individuos de la generación F de estas combinaciones híbridas para validar la precisión predictiva de los 19 marcadores KASP. Notablemente, KASP-Pro-1, KASP-Pro-2 y KASP-Pro-3 distinguieron eficazmente los genotipos asociados con alto y bajo contenido de proteína, con precisiones predictivas del 68.4%, 75.0% y 83.3%, respectivamente. Estos resultados subrayan la fiabilidad y utilidad práctica de los marcadores moleculares seleccionados, que se encuentran dentro de los genes , , y , respectivamente. El análisis de haplotipos y la piramidación de genes indican que estos tres genes pueden influir en el contenido de proteína en las semillas. En consecuencia, estos marcadores KASP pueden integrarse eficazmente en la investigación genética y genómica sobre el contenido de proteína en las semillas de soja, así como en la mejora asistida por marcadores.