La presentación de antígenos en moléculas del complejo mayor de histocompatibilidad (MHC) es fundamental para el inicio de respuestas inmunes, y gran parte de nuestra comprensión sobre la vía de procesamiento y presentación de antígenos se ha obtenido a través de estudios en ratones. Las moléculas de MHC son los genes más genéticamente diversos; en consecuencia, las cepas de ratones difieren sustancialmente en su composición de MHC y presentación de antígenos resultante. Los ratones Swiss se utilizan comúnmente en investigaciones farmacológicas, sin embargo, nuestra comprensión de la presentación de antígenos en esta cepa es sorprendentemente limitada. Aquí, hemos probado una variedad de anticuerpos anti-MHC y presentamos una serie de clones adecuados para analizar las moléculas de MHC de clase I y clase II en ratones Swiss que tienen el haplotipo MHC H2-q. Además, demostramos utilizando inmunopeptidómica que los clones 28-12-8, 34-1-2, MKD6 y N22 también son adecuados para aislar ligandos de MHC de clase I y clase II en esta cepa de ratones. Por lo tanto, este trabajo también establece un primer informe experimental del inmunopeptidoma del timo y el bazo derivado de H2-q en ratones Swiss que guarda una fuerte similitud con los ligandos aislados del haplotipo MHC H2-d de ratones Balb/C. El análisis de las proteínas fuente muestra una presentación de antígenos común pero también específica de órganos y funciones, en línea con la participación del timo en la inducción de tolerancia y la función del bazo como sitio de respuestas inmunes.