En el salmón atlántico, las vacunas no han logrado controlar y prevenir, por razones que siguen siendo elusivas. En este estudio, informamos sobre la eficacia de dos vacunas comerciales desarrolladas con los aislados AL100005 y AL 20542 contra otros dos genogrupos que se consideran altamente y ubicuamente prevalentes en Chile: LF-89 y EM-90. Se realizaron dos ensayos de cohabitación para simular condiciones de campo y el rendimiento de la vacuna: (1) los peces post-smolt fueron desafiados con una única infección de LF-89, (2) los adultos fueron coinfectados con EM-90 y un bajo nivel de coinfección de piojos de mar. En el primer ensayo, la vacuna retrasó las mortalidades de smolt en dos días; sin embargo, los peces no vacunados y vacunados no mostraron diferencias significativas en la supervivencia (no vacunados: 60.3%, vacunados: 56.7%; = 0.28). En el segundo ensayo, la mortalidad comenzó tres días más tarde para los peces vacunados que para los no vacunados. Sin embargo, los peces no vacunados y vacunados no mostraron diferencias significativas en la supervivencia (no vacunados: 64.6%, vacunados: 60.2%, = 0.58). Por lo tanto, no encontramos evidencia de que las vacunas evaluadas confieran una protección efectiva contra los genogrupos LF-89 y EM-90 con proporciones de supervivencia relativa estimadas (RPS) de -9% y -12%, respectivamente. Se necesitan más estudios para evaluar si la heterogeneidad del patógeno es un determinante clave de la falta de eficacia de la vacuna.