El análisis de huellas dactilares de ADN y la diversidad genética de 79 cultivares de algodón de tierras altas de maduración temprana se realizaron utilizando marcadores moleculares de Repeticiones de Secuencias Simples (SSR). De 126 pares de cebadores SSR, seleccionamos 71 pares que mostraron buenas polimorfismos y bandas claras, tenían buena estabilidad y mostraban una distribución uniforme en los cromosomas del algodón, y se amplificaron 142 genotipos polimórficos. El número promedio de alelos amplificados con los cebadores SSR fue de 2.01. El contenido de información de polimorfismo (PIC) de los marcadores varió de 0.1841 a 0.9043, con un promedio de 0.6494. Los resultados del análisis de huellas dactilares mostraron que nueve variedades tenían bandas características, y al menos seis pares de cebadores podrían usarse para distinguir completamente los 79 accesos de algodón. Mediante el análisis de agrupamiento NTSYS-pc 2.11, los coeficientes de similitud genética entre los genotipos de algodón variaron de 0.3310 a 0.8705, con un promedio de 0.5861. Todos los accesos de algodón se agruparon en cinco categorías en un coeficiente de similitud de 0.57, que fue consistente con las fuentes de pedigrí. Al mismo tiempo, los coeficientes de similitud genética promedio de las variedades de algodón de tierras altas de maduración temprana en China mostraron un patrón de variación bajo-alto-bajo a lo largo del tiempo, revelando la historia de desarrollo de las variedades de algodón de tierras altas de maduración temprana desde la década de 1980 hasta la actualidad. Esto también refleja indirectamente que en los últimos años, los criadores de algodón de China se han centrado en la innovación y han ampliado continuamente los recursos genéticos para el algodón de tierras altas de maduración temprana.