La desinfección anaeróbica del suelo (DAS) se propone como una alternativa al uso de fumigantes químicos contra la marchitez por Fusarium en cultivos de fresa. Se evaluaron diferentes residuos residuales (salvado de arroz, harina de pescado y extrudado residual de fresa) como enmiendas para la DAS. Se probaron dos concentraciones diferentes y dos duraciones de incubación en ensayos en cámara de crecimiento. Se observó la abundancia de varios grupos microbianos antes y después de los tratamientos. Se cultivaron plantas de fresa en los suelos tratados para registrar la severidad de la enfermedad por marchitez por Fusarium. La densidad poblacional aumentó después de la DAS en la mayoría de las enmiendas con salvado de arroz y extrudado residual de fresa. Se observaron cambios en las poblaciones de spp., bacterias copiotróficas y spp. después de los tratamientos de anaerobiosis y ensayos con plantas. Se logró una reducción en la severidad de la enfermedad en suelos tratados con DAS con 20 t/ha de salvado de arroz tanto a los 25 como a los 60 días de incubación, pero no al usar una dosis de 13.5 t/ha. De manera similar, los tratamientos con 19.3 t/ha de harina de pescado para ambas duraciones de incubación pudieron reducir la severidad de la enfermedad. En contraste, solo se obtuvo una reducción de la severidad en suelos tratados con 25.02 t/ha del extrudado residual de fresa e incubados durante 60 días en condiciones anaeróbicas. Dos de los tres subproductos probados pudieron reducir los síntomas de marchitez por Fusarium en plantas de fresa después de un período de tratamiento de DAS de solo 25 días. En consecuencia, la técnica parece prometedora para los cultivadores de fresa en Huelva, España, y altamente sostenible al dar valor a los residuos producidos en las áreas circundantes.