El uso metafiláctico de antimicrobianos en granjas de cerdos contribuye a la aparición de bacterias resistentes a los antibióticos, lo que constituye un gran desafío para la salud pública. Se requieren estrategias alternativas para erradicar su uso rutinario. En un estudio previo, los antimicrobianos metafilácticos fueron reemplazados por la administración de MP100 a cerdas y lechones durante dos años. Esta práctica modificó positivamente la microbiota fecal y los perfiles metabólicos en la granja. En este trabajo, se utilizó el conjunto de datos de la granja para comparar los parámetros relacionados con la productividad entre un período de 2 años de antibioterapia metafiláctica rutinaria y los primeros 2 años de un reemplazo con la cepa probiótica. El período probiótico mejoró estos parámetros relacionados con la productividad, desde el tamaño de la camada hasta el rendimiento de crecimiento. Además, se obtuvieron muestras de piel y grasa subcutánea de los animales que ingerían la cepa probiótica y de los controles (antibioterapia metafiláctica) y se analizaron su pH, capacidad de retención de agua, composición y perfil metabólico. La ingesta de probióticos no afectó negativamente la composición de la carne y se asoció con un aumento en la concentración de inosina y una ligera tendencia a aumentar el contenido de grasa intramuscular. Estos factores se consideran biomarcadores de la calidad de la carne. En conclusión, la sustitución de antimicrobianos metafilácticos por la administración de la cepa probiótica se asoció con resultados beneficiosos en productividad y calidad de la carne.