Los microARNs (miARNs) son una clase de ARN no codificantes de aproximadamente 20-24 nucleótidos de longitud, que desempeñan un papel crucial durante la regulación génica en la interacción planta-patógeno. Regulan negativamente la expresión de genes diana, principalmente a nivel transcripcional o post-transcripcional, a través de emparejamiento de bases complementarias con las secuencias de los genes diana. Estudios recientes revelan que durante la infección por patógenos, los miARNs producidos por las plantas y los ARN similares a miARN (milARNs) producidos por hongos pueden regular la expresión de genes endógenos en sus respectivos organismos y sufrir transferencia entre reinos. De este modo, pueden regular negativamente la expresión de genes diana en las células receptoras. Estos hallazgos proporcionan nuevas perspectivas para profundizar nuestra comprensión de los mecanismos regulatorios subyacentes a las interacciones planta-patógeno. Aquí, resumimos y discutimos los roles de los miARNs y milARNs en la mediación de interacciones planta-patógeno a través de múltiples vías, proporcionando nuevas ideas sobre las funciones de estos ARN y sus modos de acción. En conjunto, estas ideas sientan una base teórica para la gestión dirigida de enfermedades de cultivos.