La variabilidad a corto plazo en las comunidades planctónicas está poco documentada, especialmente en lo que respecta a las variaciones que se producen en grupos específicos del conjunto, ya que el análisis tradicional es laborioso y requiere mucho tiempo. Además, no permite la alta frecuencia de muestreo necesaria para la toma de decisiones. Para superar esta limitación, probamos el citómetro de flujo sumergible CytoSub. Este dispositivo se fijó a una distancia aproximada de 10 metros de la línea de bajamar, a una profundidad de 1,5 metros, durante 12 horas para monitorear el plancton en un sitio de la reserva biológica de la playa de Barra da Tijuca, Río de Janeiro. El análisis de datos se realizó con diagramas de dispersión bidimensionales, formas de pulso individuales y adquisición de microimágenes. Se muestran los resultados del monitoreo de alta frecuencia de dos grupos interesantes. La abundancia y la biomasa de carbono de los ciliados se mantuvieron relativamente estables, mientras que la de los dinoflagelados fue muy variable a lo largo del día. La regresión lineal de las medidas de biovolumen entre la microscopía clásica y la citometría de flujo in situ demuestra un alto grado de ajuste. A pesar del éxito del ensayo y los prometedores resultados obtenidos, el gran volumen de imágenes generadas por el método también crea la necesidad de desarrollar modelos de reconocimiento de patrones para la clasificación automática de imágenes citométricas in situ.