En la acuicultura moderna, los programas de cría impulsados por la genómica han surgido como herramientas poderosas para optimizar la calidad del pescado. Este estudio se centró en dos especies emblemáticas de peces mediterráneos, el lubina europea y la dorada, con el objetivo principal de explorar la base genética de la degradación del músculo blanco/filete en pescado fresco tras la cosecha. Identificamos 57 y 44 SNPs de sentido erróneo en la dorada y en la lubina europea, respectivamente, ubicados dentro de genes que codifican para proteasas endógenas responsables de la calidad del filete. Estos SNPs fueron seleccionados estratégicamente en función de su ubicación dentro de los dominios catalíticos/regulatorios de las proteasas endógenas que se expresan en el músculo blanco. Utilizando la tecnología MassArray, asociamos con éxito la actividad enzimática diferenciada de esas proteasas endógenas post-cosecha como un rasgo fenotípico con el polimorfismo genético de seis SNPs en la dorada y nueve en la lubina europea. Estos hallazgos pueden ser atributos valiosos en programas de cría selectiva para extender la frescura y la vida útil de estas especies. La integración de la tecnología MassArray en los programas de cría ofrece una estrategia rentable para aprovechar el potencial de estas variantes genéticas para mejorar la calidad general del producto final. Reconociendo que la perecibilidad del pescado fresco es un desafío, extender la vida útil es fundamental para reducir pérdidas y costos de producción.