Las cianobacterias forman rápidamente floraciones algales nocivas (FAN) que causan graves desequilibrios nutricionales en la producción de cultivos a través de la hidroponía. Los extractos alelopáticos de plantas pueden aplicarse como una solución para el control ecológicamente sostenible de las floraciones algales. En este estudio, se evaluaron los efectos de 11 extractos acuosos de 10 plantas alelopáticas en el control. Entre los extractos, los extractos de cáscara de nuez y hoja de rosa exhibieron altos niveles inhibitorios para un control eficiente de las algas. Los altos niveles inhibitorios se lograron debido a grandes cantidades de taninos solubles en agua, especialmente ácido tánico. Los extractos efectivos se aplicaron a un sistema hidropónico cultivado en vegetales de perilla de hoja. Aunque las dosis severas (IC) no garantizaron un control completo de las algas debido a un crecimiento parcial de algas, los extractos de cáscara de nuez y hoja de rosa solo ejercieron efectos persistentes fuertes en el control de algas. La inhibición persistente de algas contribuyó al aumento del crecimiento de la perilla y a la calidad de las hojas. La hoja de rosa fue potencialmente un recurso más útil para controlar las algas en un sistema hidropónico porque la aplicación del extracto de hoja de rosa controló eficientemente las algas y fue menos tóxica para el crecimiento de la perilla. En contraste, el tratamiento con extracto de cáscara de nuez también controló las algas pero inhibió el crecimiento de la perilla con hojas verde pálido.