Las lesiones de tendones y ligamentos son frecuentes en caballos de deporte y en humanos, y tales lesiones representan un desafío terapéutico significativo. La regeneración de tejidos y la recuperación de la función son los objetivos principales de la gestión de lesiones en tendones y ligamentos. Hoy en día, se están desarrollando varios tratamientos regenerativos, basados en el uso de células madre y terapias basadas en células madre. En el presente estudio, se describe la preparación de células madre mesenquimatosas de membrana sinovial equina (eSM-MSCs) para uso clínico, incluyendo la recolección, transporte, aislamiento, diferenciación, caracterización y aplicación. Estas células son similares a fibroblastos y crecen en grupos. Retienen potencial de diferenciación osteogénica, condrogénica y adipogénica. Presentamos 16 casos clínicos de tendinitis y desmitis, tratados con eSM-MSCs alogénicas y suero autólogo, e incluimos también su evaluación, tratamiento y seguimiento. Las preocupaciones asociadas con el uso de suero autólogo como vehículo están relacionadas con una respuesta inmunogénica reducida tras la administración de esta combinación terapéutica, así como los efectos pro-regenerativos de los factores de crecimiento e inmunoglobulinas que forman parte de su constitución. La mayoría de los casos (14/16) sanaron en 30 días y presentaron buenos resultados. El tratamiento de lesiones en tendones y ligamentos con una mezcla de eSM-MSCs y suero autólogo parece ser una opción clínica prometedora para esta categoría de lesiones en pacientes equinos.