Usando el principio de máxima entropía para combinar simulaciones y experimentos de solución
Autores: Cesari, Andrea; Reißer, Sabine; Bussi, Giovanni
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2018
Acceso abierto
Artículo científico
2018
Usando el principio de máxima entropía para combinar simulaciones y experimentos de solución
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Ingeniería de Sistemas
Palabras clave
Dinámica molecular
Simulaciones
Sistemas biomoleculares
Campos de fuerza empíricos
Datos experimentales
Principio de máxima entropía
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 20
Citaciones: Sin citaciones
Las simulaciones de dinámica molecular (MD) permiten la investigación de la dinámica estructural de sistemas biomoleculares con una resolución temporal y espacial incomparable. Sin embargo, para compensar las inexactitudes de los campos de fuerza empíricos utilizados, está volviéndose común integrar las simulaciones de MD con datos experimentales obtenidos de mediciones en conjunto. Aquí revisamos los enfoques que pueden ser utilizados para combinar MD y experimentos bajo la guía del principio de máxima entropía. Nos enfocamos principalmente en métodos basados en multiplicadores de Lagrange, ya sea implementados como reponderación de simulaciones existentes o a través de una optimización en tiempo real. Discutimos cómo los errores en los datos experimentales pueden ser modelados y tenidos en cuenta. Finalmente, utilizamos sistemas modelo simples para ilustrar las dificultades típicas que surgen al aplicar estos métodos.
Descripción
Las simulaciones de dinámica molecular (MD) permiten la investigación de la dinámica estructural de sistemas biomoleculares con una resolución temporal y espacial incomparable. Sin embargo, para compensar las inexactitudes de los campos de fuerza empíricos utilizados, está volviéndose común integrar las simulaciones de MD con datos experimentales obtenidos de mediciones en conjunto. Aquí revisamos los enfoques que pueden ser utilizados para combinar MD y experimentos bajo la guía del principio de máxima entropía. Nos enfocamos principalmente en métodos basados en multiplicadores de Lagrange, ya sea implementados como reponderación de simulaciones existentes o a través de una optimización en tiempo real. Discutimos cómo los errores en los datos experimentales pueden ser modelados y tenidos en cuenta. Finalmente, utilizamos sistemas modelo simples para ilustrar las dificultades típicas que surgen al aplicar estos métodos.