Bogotá, la capital de Colombia, ha presentado recientemente una importante expansión de su territorio. Esto ha provocado el desplazamiento de áreas rurales y campesinas. Sin embargo, algunos municipios vecinos han logrado mantenerse al margen del proceso de crecimiento de la ciudad gracias a sus condiciones geográficas y también han generado importantes vínculos a partir de sus sistemas agroalimentarios. En estos procesos de articulación, los esquemas de gobernanza y sus actores son clave. Este análisis busca responder cuáles han sido las principales estrategias y mecanismos de coordinación implementados por la Universidad Externado de Colombia (UEC) para lograr múltiples interacciones entre los actores involucrados en los sistemas agroalimentarios multifuncionales y territorializados (MTLAFS). Para lo anterior, se toma como caso ilustrativo el municipio de Choachí y su relación con la Universidad Externado como articulador de acciones que contribuyen a la construcción de dinámicas territoriales y regionales. En el marco de la metodología cualitativa, se utilizaron estudios de caso, teniendo como eje de análisis el concepto de gobernanza. Como parte de los resultados, se presentan algunas recomendaciones para el trabajo de las universidades en circuitos cortos multifuncionales y territorializados, así como para la comprensión de los actores, principalmente la universidad, en los esquemas de gobernanza de los sistemas agroalimentarios.