La ostra chilena, una especie nativa de Chile y Nueva Zelanda, es un recurso valioso en la acuicultura, pero enfrenta disminuciones en la población debido a la sobreexplotación. Este estudio investiga la base molecular de dos fenotipos distintos, caracterizados por la pigmentación del borde del manto en tonos oscuros o blancos, centrándose en rasgos que podrían influir en las estrategias de reproducción y la gestión de stocks en acuicultura. A través de la secuenciación de ARN de tejidos del manto, generamos un transcriptoma completo, identificando más de 50,000 transcritos. El análisis de expresión génica diferencial reveló 746 genes con actividad variada entre los dos fenotipos. Las vías asociadas con la pigmentación, el metabolismo y la señalización celular, como las vías de metabolismo de la tirosina y el triptófano, la función del ribosoma y la señalización del calcio, se vieron significativamente afectadas. Los hallazgos mejoran la comprensión de los procesos genéticos y moleculares subyacentes a la variación fenotípica en la ostra chilena, proporcionando datos críticos para mejorar los programas de cría selectiva.