El origen del sistema de endomembranas eucariota sigue siendo objeto de mucha especulación. Sostenemos que la combinación de dos hipótesis recientes que abordan la evolución temprana de las endomembranas eucariotas apoya la posibilidad de que las membranas ancestrales estuvieran organizadas como una red tubulovesicular multifuncional. Una de las posibles ventajas selectivas que proporcionaba esta organización era la capacidad de realizar endocitosis. Esta posibilidad se ilustra con las organizaciones de membrana observadas en organismos actuales en los tres dominios de la vida. Con base en esto, proponemos un modelo coherente de evolución del sistema de endomembranas eucariota autógena en el que las mitocondrias están involucradas en una etapa tardía.