La recombinación meiótica es la principal herramienta utilizada por los criadores para generar biodiversidad, permitiendo la reorganización genética en cada generación. Permite la acumulación de alelos favorables mientras purga mutaciones perjudiciales. Sin embargo, este mecanismo está altamente regulado con la formación de uno a raramente más de tres entrecruzamientos, que no están distribuidos al azar. En este estudio, mostramos que es posible modificar estos controles en la colza (AACC, 2 = 4 = 38) y que está relacionado con la alotriploidia AAC y no con la poliploidia. Con ese propósito, comparamos la frecuencia y la distribución de entrecruzamientos a lo largo de los cromosomas A de híbridos que portan exactamente la misma secuencia de nucleótidos A, pero que presentan tres niveles de ploidía diferentes: AA, AAC y AACC. Los mapas genéticos establecidos con 202 SNPs anclados en genomas de referencia revelaron que la tasa de entrecruzamiento es 3.6 veces mayor en los híbridos alotriploides AAC en comparación con los híbridos AA y AACC. Usando una mayor densidad de SNP, demostramos que introgressiones más pequeñas y numerosas estaban presentes en híbridos AAC en comparación con híbridos allotetraploides AACC, con 7.6 Mb frente a 16.9 Mb en promedio y 21 regiones por planta frente a nueve regiones, respectivamente. Por lo tanto, este impulso de recombinación es altamente eficiente para reducir el tamaño de los QTL llevados en regiones frías del genoma de la colza, como se ejemplifica aquí para un QTL que confiere resistencia a la podredumbre negra.