Los determinantes principales de la arquitectura del manzano incluyen la altura de la planta y la longitud del entrenudo, que son los criterios significativos para evaluar los portainjertos enanos de manzana. La altura de la planta y la longitud del entrenudo están predominantemente gobernadas por fitohormonas. En este estudio, nuestro objetivo fue evaluar los mecanismos subyacentes al enanismo en un mutante enano. El mutante enano fue obtenido previamente a través de una mutación natural. Tiene una altura de planta y longitud de entrenudo considerablemente reducidas. Se realizó un análisis comparativo del transcriptoma del tipo salvaje y del mutante para identificar y anotar los genes diferencialmente expresados responsables del fenotipo utilizando análisis de RNA-seq y enriquecimiento de rutas GO y KEGG. Se identificaron múltiples genes diferencialmente expresados involucrados en vías de señalización hormonal, particularmente en vías de señalización de auxinas. Además, los niveles de ácido indol-3-acético (IAA) endógeno fueron más bajos en el mutante que en el tipo salvaje. El gen del factor de transcripción Aux/IAA fue regulado a la baja en el mutante debido a un cambio en la secuencia de un solo nucleótido en su promotor. El ensayo de transformación genética demostró una fuerte asociación entre el gen y el fenotipo enano. Las líneas mostraron claramente una reducción en la altura de la planta, la longitud del entrenudo y los niveles de IAA endógeno. Nuestro estudio reveló que MbIAA19 juega un papel en la regulación del enanismo y los niveles de IAA endógeno en el manzano.