Las bacterias se han utilizado para aumentar los rendimientos de los cultivos. Para su aplicación en cultivos, las bacterias se proporcionan en formulaciones de inoculantes que están en constante cambio, con productos a base de líquidos y sólidos. Las bacterias para inoculantes se seleccionan principalmente de aislamientos naturales. En la naturaleza, los microorganismos que favorecen a las plantas exhiben diversas estrategias para tener éxito y prevalecer en la rizosfera, como la fijación biológica de nitrógeno, la solubilización de fósforo y la producción de sideróforos. Por otro lado, las plantas tienen estrategias para mantener microorganismos beneficiosos, como la exudación de quimioatrayentes para microorganismos específicos y vías de señalización que regulan las interacciones planta-bacteria. Los enfoques transcriptómicos son útiles para intentar elucidar las interacciones planta-microorganismo. Aquí, presentamos una revisión de estos temas.