Las plantas producen una diversa gama de compuestos que desempeñan roles cruciales en el crecimiento, en el desarrollo y en las respuestas a estrés abiótico y biótico. Comprender los flujos dentro de las vías metabólicas es esencial para guiar estrategias destinadas a dirigir el metabolismo para la mejora de cultivos y la industria de productos naturales de plantas. En la última década, la modelización de redes metabólicas ha surgido como una herramienta predominante para la integración, cuantificación y predicción de la distribución espacial y temporal de los flujos metabólicos. En esta revisión, presentamos los métodos principales para construir modelos matemáticos de sistemas metabólicos y destacamos los logros recientes en el metabolismo de las plantas utilizando modelización metabólica. Además, discutimos los desafíos actuales en la aplicación del análisis de flujos de red en plantas y exploramos el uso potencial de tecnologías de aprendizaje automático en la modelización metabólica de plantas. Se espera que la aplicación práctica de la modelización matemática proporcione información significativa sobre la estructura y regulación de las redes metabólicas de las plantas.