spp. y son patógenos protozoarios entéricos en humanos y animales. Los animales de compañía infectados con especies/ensamblajes zoonóticos son una preocupación pública importante en todo el mundo. Los objetivos del presente estudio fueron determinar las prevalencias de spp. e infecciones y sus estados de co-infección en perros y gatos que viven en Taiwán e identificar las especies y ensamblajes. Se recolectaron muestras fecales de refugios de animales locales (= 285) y de un hospital veterinario (= 108). Se realizó una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) anidada utilizando los genes SSU-rRNA, -giardin y glutamato deshidrogenasa para spp. y, respectivamente. Los resultados mostraron que las prevalencias generales de y fueron del 7.38% (29/393) y 10.69% (42/393). Además, se detectó co-infección en el 1.02% (4/393) de todas las muestras. La fuente de la muestra, los signos clínicos y la raza pueden ser factores de riesgo que influyen en la tasa de infección. En las muestras positivas a -, se detectaron y con mayor frecuencia. Aunque los ensamblajes específicos de caninos C y D (37/42) fueron dominantes, también se encontró el ensamblaje zoonótico específico de humanos A (1/42) en muestras positivas a -. El análisis filogenético reveló que la mayoría de las muestras positivas pertenecían a subtipos/ensamblajes específicos del huésped, mientras que algunas muestras positivas a o podrían ser zoonóticas. Los hallazgos sugieren que los animales de compañía podrían ser una causa de transmisión zoonótica, causando criptosporidiosis y giardiasis en humanos en Taiwán.