Una especie divergente dentro del complejo (Theaceae) revelada por datos de RAD-Seq
Autores: Lin, Hanyang; Li, Wenhao; Zhao, Yunpeng
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Una especie divergente dentro del complejo (Theaceae) revelada por datos de RAD-Seq
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Delimitación de especies
Campos biológicos
Complejos de especies
Datos genómicos
Secuenciación de ADN
Análisis filogenético
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 7
Citaciones: Sin citaciones
La delimitación de especies informada es crucial en diversos campos biológicos; sin embargo, puede ser problemática para los complejos de especies. Mostrando un patrón de distribución peripátrica, el complejo nos brinda la oportunidad de estudiar los límites de las especies entre los taxones que están experimentando una especiación incipiente. Aquí, generamos datos genómicos de individuos representativos a lo largo de los rangos de distribución natural del complejo utilizando la secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción (RAD-seq). Basado en la secuencia de ADN de loci ensamblados que contienen 41,436 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) y sitios invariantes, el análisis filogenético sugirió una fuerte monofilia tanto del complejo como de , y este último estaba anidado dentro del primero. Entre los individuos, el muestreado de Mt. Tianmu (Zhejiang) mostró la afinidad evolutiva más cercana con (que es endémico del sur de Zhejiang). Estimado a partir de 2996 SNPs de alta calidad, la divergencia genética entre y fue relativamente baja (un de 0.073 en base a por sitio). Sin embargo, observamos una proporción de regiones genómicas que mostraban una diferenciación genética relativamente alta en base a ventanas. Hasta 1037 bins genómicos mostraron un valor mayor a 0.25, representando el 8.31% del total. Después de eliminar los SNPs sujetos a desequilibrio de ligamiento, el análisis de componentes principales (PCA) mostró que se separó de a lo largo de los primeros y segundos PCs hasta cierto punto. Al aplicar el análisis filogenómico, el presente estudio determina que es una variedad de y se está separando de , proporcionando conocimientos empíricos sobre la especiación incipiente dentro de un complejo de especies.
Descripción
La delimitación de especies informada es crucial en diversos campos biológicos; sin embargo, puede ser problemática para los complejos de especies. Mostrando un patrón de distribución peripátrica, el complejo nos brinda la oportunidad de estudiar los límites de las especies entre los taxones que están experimentando una especiación incipiente. Aquí, generamos datos genómicos de individuos representativos a lo largo de los rangos de distribución natural del complejo utilizando la secuenciación de ADN asociada a sitios de restricción (RAD-seq). Basado en la secuencia de ADN de loci ensamblados que contienen 41,436 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) y sitios invariantes, el análisis filogenético sugirió una fuerte monofilia tanto del complejo como de , y este último estaba anidado dentro del primero. Entre los individuos, el muestreado de Mt. Tianmu (Zhejiang) mostró la afinidad evolutiva más cercana con (que es endémico del sur de Zhejiang). Estimado a partir de 2996 SNPs de alta calidad, la divergencia genética entre y fue relativamente baja (un de 0.073 en base a por sitio). Sin embargo, observamos una proporción de regiones genómicas que mostraban una diferenciación genética relativamente alta en base a ventanas. Hasta 1037 bins genómicos mostraron un valor mayor a 0.25, representando el 8.31% del total. Después de eliminar los SNPs sujetos a desequilibrio de ligamiento, el análisis de componentes principales (PCA) mostró que se separó de a lo largo de los primeros y segundos PCs hasta cierto punto. Al aplicar el análisis filogenómico, el presente estudio determina que es una variedad de y se está separando de , proporcionando conocimientos empíricos sobre la especiación incipiente dentro de un complejo de especies.