Las ortigas tienen una larga historia de asociación con la civilización humana, habiendo sido utilizadas como fuente de fibras textiles, alimento y medicina. Aquí, presentamos una ensamblaje del genoma a nivel de cromosomas, faseado, para un clon femenino diploide de Rumanía. Utilizando una combinación de secuenciación PacBio HiFi, Oxford Nanopore e Illumina, así como datos de interacción a larga distancia Hi-C (usando un nuevo protocolo Hi-C presentado aquí), ensamblamos dos haplotipos de 574.9 Mbp (contig N50 = 10.9 Mbp, scaffold N50 = 44.0 Mbp) y 521.2 Mbp (contig N50 = 13.5 Mbp, scaffold N50 = 48.0 Mbp), con puntajes de ensamblaje BUSCO de 92.6% y 92.2%. Anotamos 20,333 y 20,140 genes para cada haplotipo, cubriendo más del 90% de los genes BUSCO completos e incluyendo dos copias de un gen que se supone codifica el péptido neurotóxico urtionina, que podría contribuir a la característica picazón de la ortiga. A pesar de su tamaño relativamente pequeño, el genoma de la ortiga muestra niveles muy altos de repetitividad, con elementos transponibles que comprenden más del 60% del genoma, así como una variación estructural considerable. Este ensamblaje del genoma representa un recurso importante para la comunidad de ortigas y permitirá investigar la base genética de las muchas características interesantes de esta especie.