El objetivo de este estudio fue describir más a fondo la microbiota oral de perros sanos mediante secuenciación de ADN shotgun y compararla con la de perros con tumores orales. Se recolectaron hisopos orales (representativos de todos los nichos de la cavidad oral) de perros sanos (n = 24) y de perros con diferentes tumores orales (n = 7). Se extrajo ADN de los hisopos y se realizó secuenciación metagenómica shotgun. Solo se observaron diferencias menores en la composición de la microbiota entre los dos grupos. A nivel de filo, los Bacteroidota, Proteobacteria, Actinobacteriota, Desulfobacterota y Firmicutes fueron los más abundantes en ambos grupos. Las Unidades Taxonómicas Operacionales observadas (riqueza de especies) fueron significativamente más altas en los pacientes sanos, pero no hubo diferencia significativa en el índice de diversidad de Shannon entre los grupos. No se encontró diferencia significativa en la diversidad beta entre los grupos. La microbiota oral central consistió en 67 especies bacterianas que se identificaron en los 24 perros sanos. Nuestro estudio proporciona una mayor comprensión de la composición de la microbiota oral de perros sanos y de perros con tumores orales.