La biodiversidad del Pantanal constituye un valioso recurso natural en términos económicos, culturales, recreativos, estéticos, científicos y educativos. La vegetación, sumada a la productividad estacional, sustenta una fauna diversa y abundante. En la región se encuentran numerosas especies en peligro de extinción, y las aves acuáticas son excepcionalmente abundantes durante la estación seca. La pérdida de biodiversidad y sus hábitats naturales asociados en el Pantanal se produce como resultado del uso insostenible del suelo. La implementación de áreas protegidas es solo una parte de la estrategia de conservación necesaria. Analizamos las amenazas a la biodiversidad del bioma en siete categorías principales: 1) conversión de vegetación natural en pastos y cultivos agrícolas, 2) destrucción o degradación del hábitat, principalmente debido a incendios forestales, 3) sobreexplotación de especies, principalmente por pesca insostenible, 4) contaminación del agua, 5) modificación del caudal de los ríos con la implantación de pequeñas centrales hidroeléctricas, 6) turismo insostenible y 7) introducción de especies exóticas invasoras.