Un transcriptoma de longitud completa y análisis de la familia de genes NHL-1 en
Autores: Xing, Kefan; Li, Huimin; Wang, Xiongfei; Sun, Yuying; Zhang, Jiquan
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Un transcriptoma de longitud completa y análisis de la familia de genes NHL-1 en
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Organismo modelo
Ensamblaje del transcriptoma
Plataforma PacBio Sequel
Eventos de empalme alternativo
ARN largos no codificantes
Genómica funcional
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 13
Citaciones: Sin citaciones
ha surgido como un organismo modelo prometedor para estudios básicos en Decápodos. Sin embargo, la información actual del transcriptoma sobre esta especie se basa en tecnologías de secuenciación de nueva generación, que están limitadas por una corta longitud de lectura. Por lo tanto, el presente estudio tuvo como objetivo generar un ensamblaje de transcriptoma de longitud completa utilizando la plataforma PacBio Sequel. El ensamblaje de transcriptoma resultante comprendió 5831 transcritos con un valor N50 de 3697 pb. Notablemente, el 90.5% de estos transcritos representaron isoformas novedosas de genes conocidos. Los transcritos fueron buscados adicionalmente en las bases de datos NR, SwissProt, KEGG, KOG, GO, NT y Pfam. Un total del 24.8% de los transcritos pueden ser anotados en las siete bases de datos. Además, se predijeron 1236 eventos de empalme alternativo, 344 factores de transcripción y 124 ARN largos no codificantes (LncRNAs). Basado en los resultados de la anotación de empalme alternativo, se identificó un gen de proteína de dedo RING NHL-1 de (). Hay 15 transcritos en . El transcrito más largo tiene 4995 pb de longitud y codifica una proteína putativa de 1665 aminoácidos. Un análisis filogenético mostró su estrecha relación con NHL-1 de otras especies de crustáceos. Este informe representa el transcriptoma de longitud completa de y facilitará la investigación sobre genómica funcional y adaptación ambiental en esta especie.
Descripción
ha surgido como un organismo modelo prometedor para estudios básicos en Decápodos. Sin embargo, la información actual del transcriptoma sobre esta especie se basa en tecnologías de secuenciación de nueva generación, que están limitadas por una corta longitud de lectura. Por lo tanto, el presente estudio tuvo como objetivo generar un ensamblaje de transcriptoma de longitud completa utilizando la plataforma PacBio Sequel. El ensamblaje de transcriptoma resultante comprendió 5831 transcritos con un valor N50 de 3697 pb. Notablemente, el 90.5% de estos transcritos representaron isoformas novedosas de genes conocidos. Los transcritos fueron buscados adicionalmente en las bases de datos NR, SwissProt, KEGG, KOG, GO, NT y Pfam. Un total del 24.8% de los transcritos pueden ser anotados en las siete bases de datos. Además, se predijeron 1236 eventos de empalme alternativo, 344 factores de transcripción y 124 ARN largos no codificantes (LncRNAs). Basado en los resultados de la anotación de empalme alternativo, se identificó un gen de proteína de dedo RING NHL-1 de (). Hay 15 transcritos en . El transcrito más largo tiene 4995 pb de longitud y codifica una proteína putativa de 1665 aminoácidos. Un análisis filogenético mostró su estrecha relación con NHL-1 de otras especies de crustáceos. Este informe representa el transcriptoma de longitud completa de y facilitará la investigación sobre genómica funcional y adaptación ambiental en esta especie.