Esta revisión discute varios estudios de investigación que emplearon el ensayo cometa para evaluar el impacto ambiental de genotóxicos en entornos acuáticos. Se centra en estudios in vivo e in situ de animales acuáticos. Cada año se están agregando nuevos productos químicos a la carga existente de sustancias tóxicas en el medio ambiente. Las actividades agrícolas e industriales excesivas afectan negativamente a la biodiversidad, amenazando la supervivencia de especies en un hábitat particular, así como planteando riesgos de enfermedades para los humanos. Algunos de los productos químicos, por ejemplo, pesticidas y metales pesados, pueden ser genotóxicos para las especies centinela y/o para las especies no objetivo, causando efectos perjudiciales en células somáticas o germinales. El ensayo cometa es una técnica rápida, sensible y de bajo costo para detectar roturas en la cadena de ADN. Sin embargo, el ensayo cometa tiene mucho más que ofrecer que ser simplemente una prueba para detectar roturas en la cadena de ADN en órganos animales. El uso de enzimas de reparación amplía el rango de lesiones de ADN que se pueden detectar con el ensayo. Al comparar datos de estudios que emplearon diferentes enfoques, como la puntuación empírica o las longitudes de la cola del cometa, el ensayo cometa es una de las técnicas desafiantes que se pueden utilizar en estudios ambientales. La cantidad relativa de ADN en la cola del cometa indica la intensidad de la rotura del ADN. El ensayo ha sido modificado para detectar varias alteraciones de bases al incluir la digestión de nucleoides con una endonucleasa específica de lesiones. La determinación del daño en el ADN en estas especies indicadoras mediante la prueba del cometa ofrecería información sobre el potencial genotóxico de su hábitat en una etapa temprana. Esto permitiría técnicas de intervención para prevenir o mitigar impactos adversos en la salud de animales centinela y humanos.