Los telómeros representan las secuencias repetidas de nucleótidos en los extremos de los cromosomas y son esenciales para la estabilidad cromosómica. Pueden acortarse en cada ronda de replicación de ADN principalmente debido a la síntesis incompleta de ADN de la hebra rezagada. La longitud relativa reducida de los telómeros está asociada con el envejecimiento y una variedad de estados de enfermedad. Diferentes métodos como el análisis de fragmentos de restricción terminal, PCR cuantitativa en tiempo real (qPCR) y hibridación in situ con fluorescencia están disponibles para medir la longitud de los telómeros; sin embargo, el método basado en qPCR es comúnmente utilizado para estudios basados en poblaciones grandes. Existen múltiples variaciones en los métodos basados en qPCR, incluida la elección del gen de copia única, las secuencias de cebadores, los reactivos y los métodos de análisis de datos en los diferentes estudios reportados hasta ahora. Aquí, proporcionamos un protocolo detallado paso a paso que hemos optimizado y probado con éxito en manos de otros usuarios. Este protocolo ayudará a los investigadores interesados en medir las longitudes relativas de los telómeros en células o en muestras de cohortes/estudios clínicos más grandes para determinar asociaciones de la longitud de los telómeros con la salud y la enfermedad.