Los promotores U6 funcionales se utilizan ampliamente en sistemas de edición genética CRISPR para cultivos. La identificación de la actividad del promotor U6 endógeno y el establecimiento de sistemas de edición genética CRISPR/Cas9 en varios cultivos pueden mejorar la eficiencia y precisión de la edición genética en la mejora molecular. En este estudio, se identificaron cuatro snARN U6 en el genoma de la variedad de lino oleaginoso (L.) Longya 10, que exhiben alta homología con las regiones promotoras del snARN U6 de Arabidopsis thaliana. Clonamos y construimos vectores de expresión de fusión con genes reporteros de dual-luciferasa impulsados por el promotor U6. Se realizó una transformación transitoria de lino para medir la actividad relativa de la dual luciferasa. El cromosoma 14 mostró la mayor actividad transcripcional. Se probaron truncaciones de diferentes longitudes desde el extremo 5 de este promotor, revelando que un fragmento del promotor U6 de 342 pb posee alta actividad transcripcional y una longitud óptima. Posteriormente, construimos un vector de edición genética CRISPR/Cas9 con sgRNA impulsor. La infección mediada por Agrobacterium de los hipocotilos de lino dio lugar a brotes de lino albino transgénicos. El ADN de estos brotes se utilizó como plantilla para amplificar fragmentos, que luego fueron secuenciados. El análisis de secuenciación reveló que los vectores CRISPR/Cas9 lograron frecuencias de edición más altas en comparación con los sistemas impulsados por -driven.