Una población diversa (429 miembros) de colza (Brassica L.), compuesta principalmente por biotipos de invierno, fue ensamblada y utilizada en estudios de asociación a nivel genómico. El análisis de genotipo por secuenciación de la población identificó y mapeó 290,972 marcadores de alta calidad que van desde un 18.5% hasta un 82.4% de marcadores faltantes por línea y un promedio de 36.8%. Después de la interpolación, quedaron 251,575 marcadores de alta calidad. Tras filtrar los marcadores con recuentos bajos de alelos menores (recuento > 5), nos quedamos con 190,375 marcadores. La distancia promedio entre estos marcadores es de 4463 bases con una mediana de 69 y un rango de 1 a 281,248 bases. La heterocigosidad entre la población imputada varía de 0.9 a 11.0% con un promedio de 5.4%. El conjunto de datos filtrado e imputado se utilizó para determinar la estructura de la población y parentesco, lo que indicó que la población tenía una estructura mínima con el mejor valor de K de 2-3. Estos resultados también indicaron que la mayoría de la población tiene una secuencia sustancial de una sola población con subgrupos y mezclas con un número muy pequeño de otras poblaciones. El análisis del desequilibrio de ligamiento cromosómico varió desde ~7 Kb para el cromosoma A01 hasta ~68 Kb para el cromosoma C01. Las tasas de descomposición del ligamiento local determinadas para todas las ventanas de 500 kb con un paso deslizante de 10 kb indicaron una amplia gama de tasas de descomposición del ligamiento, lo que indica numerosos puntos calientes de recombinación dentro de esta población, y proporcionan un recurso para determinar los límites probables del desequilibrio de ligamiento a partir de cualquier marcador dado en el que identificar genes candidatos. Esta población y los recursos proporcionados aquí deberían servir como herramientas útiles para investigar la genética en la colza de invierno.