La expresión de los genes que codifican proteínas en eucariotas termina con la escisión y poliadenilación, seguida de la terminación de la transcripción. Anteriormente, identificamos un terminador de transcripción no canónico (NTT) en el gen que causa que la transcripción se detenga, produciendo un ARNm que carece de una cola de poli(A). Aquí, identificamos una unidad funcional mínima del NTT que consiste en 79 nucleótidos que forman una estructura secundaria de ARN específica. Los transcritos generados a partir del NTT demostraron una estabilidad reducida y se vieron impedidos en su exportación al citoplasma. Notablemente, el NTT no mostró funcionalidad en células humanas, lo que indica que este mecanismo de terminación no es universal y requiere interacción con proteínas específicas. Curiosamente, un NTT de especies distantes relacionadas pudo terminar efectivamente la transcripción en células, destacando la importancia de los motivos conservados para la funcionalidad del NTT. En general, estos hallazgos proporcionan información sobre mecanismos alternativos de terminación de la transcripción y subrayan la importancia de las secuencias primarias de ARN y las estructuras secundarias en las posibles interacciones con proteínas específicas.