Los estudios experimentales en ríos y arroyos son extremadamente difíciles de realizar debido a la gran complejidad de las condiciones de estos entornos y su alta heterogeneidad, lo que dificulta el control preciso y la estandarización de las variables. En este estudio, presentamos un muestreador práctico, diseñado para facilitar la realización de proyectos de investigación que involucran comunidades bentónicas en ambientes lóticos, así como una nueva técnica no destructiva para la cuantificación de las comunidades de macroalgas que se encuentran típicamente en estos hábitats. El muestreador consiste en un tubo cuadrado de acrílico por el que fluye el agua con normalidad. Esta estructura lleva una placa de vidrio extraíble con un área conocida y permite simular diversas situaciones ecológicas modificando las condiciones bióticas y abióticas. De esta manera, se pueden mitigar las diferencias entre las características ambientales donde se expone cada muestreador. La nueva técnica consiste en la captura de imágenes digitales que permiten monitorear una comunidad única de macroalgas en desarrollo a lo largo del tiempo y una cuantificación más precisa en comparación con otras técnicas de amplia aplicación. El muestreador es fácil de construir y las imágenes son sencillas de cuantificar, lo que permite detectar variaciones espaciales y temporales en la riqueza y abundancia de las comunidades investigadas.