Debido al constante cambio en el mercado, puede ser difícil para las empresas asegurar los recursos materiales, humanos y tecnológicos necesarios para actividades de innovación competitiva. En este sentido, y para superar estas limitaciones, el modelo de innovación abierta es un enfoque bastante exitoso, donde el intercambio de recursos entre empresas permite la formación de un ecosistema de innovación. Sin embargo, el tiempo de ejecución de estos proyectos puede verse negativamente afectado si no se tiene en cuenta el rendimiento de cada equipo de trabajo. En este trabajo, se propone la aplicación del enfoque ágil en proyectos de innovación abierta como una forma de reducir la incertidumbre tanto en el tiempo de ejecución de los proyectos como en los respectivos costos de implementación. En este sentido, se desarrolla una metodología para la asignación óptima de equipos para equipos ágiles en proyectos de innovación abierta de acuerdo con su rendimiento en cada tarea del proyecto, con el fin de determinar la asignación óptima de equipos que conduzca al menor tiempo de ejecución del proyecto. Esta metodología apoyará la toma de decisiones en la gestión de proyectos de innovación abierta, especialmente en la selección de los equipos de trabajo internos y externos que participarán en un determinado proyecto de innovación. La aplicación de la metodología propuesta se ilustra con un ejemplo que describe y analiza los diferentes pasos de su aplicación. Los resultados muestran que con la metodología propuesta es posible tener en cuenta el rendimiento de cada equipo al calcular el tiempo de ejecución del proyecto y que el tiempo de ejecución del proyecto varía dependiendo de la asignación de los equipos ágiles a las tareas del proyecto. También se demuestra que es posible determinar la asignación óptima con el menor tiempo de ejecución del proyecto.