En este trabajo se presenta una implementación masivamente paralela del modelo de transporte molecular activado térmicamente de Boltzmann. Este modelo permite tener en cuenta las barreras de energía potencial en simulaciones moleculares y así modelar procesos de difusión activados térmicamente en líquidos. El modelo se implementa como una extensión del algoritmo básico de Líquido de Rejilla Dinámica (DLL) en ARUZ, un simulador basado en FPGA masivamente paralelo ubicado en BioNanoPark Lodz. La ventaja de este enfoque es que no utiliza operaciones de exponenciación, minimizando el uso de recursos y permitiendo realizar simulaciones que contienen hasta 4,608,000 nodos.