Este estudio aborda la necesidad de procesos de diseño temprano para los diversos intereses de las partes interesadas en los desafíos de ingeniería. Lo hace utilizando marcos, métodos y herramientas de Sistema de Sistemas. El método presentado, Análisis Inclusivo de SoS, ayuda a adquirir una visión general de los intereses de las partes interesadas y su diseño preferido de arquitectura de Sistema de Sistemas en un entorno operativo, y de qué manera tienen intereses conflictivos o sinérgicos. Las partes interesadas se clasifican según su relación con la ejecución operativa e integran ampliamente a lo largo de la modelización, simulación y análisis de la operación del Sistema de Sistemas, un aspecto novedoso de este trabajo. El método propuesto implica tres fases: (1) Análisis de casos de uso y partes interesadas para identificar los intereses de las partes interesadas y definir Indicadores Clave de Desempeño, (2) Modelización y simulación en un entorno basado en agentes para representar arquitecturas de Sistema de Sistemas y dinámicas operativas, y (3) Resultados y análisis para generar funciones de valor que evalúen el impacto de las configuraciones arquitectónicas en los intereses de las partes interesadas. Las simulaciones exploran diversas arquitecturas de Sistema de Sistemas caracterizadas por los sistemas constituyentes que las componen, cómo se configura su estrategia colaborativa y cómo se controla la toma de decisiones, revelando las formas en que estos factores influyen en los resultados de la operación. El método se aplica al estudio de caso de un escenario complejo de lucha contra incendios forestales con un amplio conjunto de partes interesadas y múltiples sistemas constituyentes.