En eucariotas, las funciones celulares están estrictamente controladas por diversas modificaciones post-traduccionales (PTMs) de proteínas. Una de estas PTMs que afecta a muchas proteínas es la deiminación de arginina a citrulina. Este proceso, llamado citrulinación, es catalizado por un grupo de hidrolasas llamadas desiminasa de arginina de proteínas (PADs), de las cuales se han identificado cinco isoformas. La hipercitrulinación, como resultado de un aumento en la expresión o actividad de PAD, está asociada con enfermedades autoinmunes como la artritis reumatoide, lupus, enfermedad de Alzheimer, colitis ulcerosa, esclerosis múltiple y ciertos tipos de cáncer. Se han descrito tres polimorfismos de nucleótido único (SNPs) comunes en el gen, a saber, rs874881, rs11203366 y rs11203367, que se cree que afectan la expresión y actividad de PAD4. Aquí comparamos la idoneidad de cuatro métodos para la detección de SNPs en el gen: (i) reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real basada en SYBR-green seguida de análisis de curva de fusión de alta resolución (HRM-PCR); (ii) PCR seguida de detección de polimorfismos de longitud de fragmento de restricción (PCR-RFLP); (iii) PCR convencional de sistema de amplificación refractaria de mutación de cuatro cebadores (ARMS-PCR); y (iv) PCR en tiempo real basado en el ARMS-PCR de una sola etapa. De estos, el ARMS-PCR resultó ser el método más adecuado en cuanto a manipulación, duración y costo de los experimentos. El uso del método con reactivos de PCR en tiempo real basados en SYBR-green redujo aún más los pasos de manipulación y, por lo tanto, las posibles fuentes de error.