Con el aumento del rendimiento tanto en la generación como en la fenotipificación de líneas mutantes en plantas, es importante contar con un método de genotipificación eficiente y confiable. Los flujos de trabajo tradicionales, que aún se utilizan comúnmente en muchos laboratorios, tienen pasos que consumen mucho tiempo y son costosos, como la purificación de ADN, la clonación y el cultivo de células. Proponemos un flujo de trabajo alternativo donde se evitan estos pasos, utilizando polimerasa Phire en tejido vegetal fresco y tratamiento ExoProStar como preparación para la secuenciación. Generamos mutantes CRISPR-Cas9 para ZAS (SINTASA DE ZAXINONA) en arroz con dos ARN guías. Usando tanto un flujo de trabajo tradicional como nuestro flujo de trabajo propuesto, genotipificamos nueve plantas T1. Para interpretar la salida de secuenciación, que a menudo es compleja en mutantes generados por CRISPR, utilizamos sistemas de análisis automático en línea gratuitos y comparamos los resultados. Nuestro flujo de trabajo propuesto produce resultados de la misma calidad que el flujo de trabajo antiguo, pero en 1 día en lugar de 3 días y aproximadamente 35 veces más barato. Este flujo de trabajo también consiste en menos pasos y reduce el riesgo de contaminación cruzada y errores. Además, los paquetes de análisis de secuencias automatizados son en su mayoría precisos y podrían utilizarse fácilmente para análisis en masa. Basándonos en estas ventajas, animamos a los laboratorios académicos y comerciales que realizan genotipificación a considerar la posibilidad de cambiar a nuestro flujo de trabajo propuesto.