Dada la crisis climática, la búsqueda de una producción sostenible con potencial para reducir el exceso de dióxido de carbono (CO) en la atmósfera ha sido objeto de acuerdos globales. Los suelos son sistemas fundamentales de almacenamiento de carbono, con un papel relevante en la mitigación de emisiones de CO. Considerando el café como una mercancía importante para varios países y los sistemas agroforestales (SAFs) como aliados importantes para mitigar los gases de efecto invernadero emitidos por el sector agrícola, este estudio tuvo como objetivo investigar la capacidad de las plantaciones de café en SAFs para mitigar las emisiones de gases de efecto invernadero, a través de la captura de carbono en el suelo. Para este propósito, realizamos un metaanálisis de 45 SAFs, incluyendo simples y diversificados, a partir de una búsqueda detallada de la literatura científica que investiga el carbono orgánico del suelo en SAFs que incluyen el cultivo de café. En general, no se encontró efecto de los SAFs en las tasas de cambio de almacenamiento de carbono, pero se observó un incremento en el almacenamiento de carbono en el suelo al comparar los SAFs con el cultivo convencional de café. Generalmente, las variables climáticas y la textura del suelo afectan positivamente el almacenamiento de carbono en el suelo. Al comparar SAFs diversificados y simples, los primeros tuvieron un efecto positivo en las tasas de cambio de almacenamiento de carbono. El café agroforestal mostró capacidad para mitigar los efectos del clima a través del almacenamiento de carbono en el suelo, especialmente cuando el sistema es diversificado. Esta es una estrategia inteligente para el clima y debería implementarse preferentemente en lugar del cultivo convencional de café.