La expansión de drones debe considerarse como una amenaza en casos de uso negligente, ilícito o no cooperativo. En el caso de los aeropuertos, una protección completa contra la intrusión de drones debe basarse en un sistema de gestión de intrusiones, con el objetivo de evitar el cierre del aeropuerto. Este sistema requiere el establecimiento de metodologías adecuadas de evaluación de riesgos para las operaciones aeroportuarias, para considerar explícitamente las características de la intrusión de drones, posiblemente desde un punto de vista cuantitativo. Este trabajo propone un marco metodológico para la evaluación de riesgos de intrusiones de drones en aeropuertos, adaptado a las características de la intrusión de drones, las características del aeropuerto y las operaciones actuales, y considerando tanto las causas relacionadas con la seguridad como las relacionadas con la protección. El marco se basa en la combinación de enfoques basados en modelos y enfoques impulsados por datos con el fin de: (i) estimar un índice de vulnerabilidad del aeropuerto, para medir la susceptibilidad del aeropuerto a intrusiones de drones, basado en conjuntos de datos de referencia; (ii) especificar un conjunto de árboles de eventos para evaluar los riesgos de los diferentes escenarios de amenaza relacionados con las intrusiones de drones. El marco metodológico propuesto se aplica a un caso de estudio concreto, relacionado con el aeropuerto de Milán Malpensa. Los resultados obtenidos muestran la efectividad del enfoque y generan requisitos adicionales para los sistemas de contra-drones en aeropuertos basados en los riesgos evaluados.