Una vía precisa de respuesta al daño del ADN es crítica para la reparación de roturas de doble cadena de ADN. La reparación puede ocurrir por recombinación homóloga, de la cual se han identificado muchos subcaminos diferentes. Algunas vías de recombinación son conservadoras, lo que significa que las secuencias cromosómicas se conservan, y otras son no conservadoras, lo que lleva a alguna alteración de la secuencia de ADN. Describimos un ensayo genético in vivo para estudiar deleciones intra-cromosómicas no conservadoras en regiones de repeticiones directas no tándem. Este ensayo se puede utilizar para estudiar tanto roturas espontáneas que surgen durante la replicación del ADN como roturas de doble cadena inducidas creadas con la endonucleasa homotálica (). La validación genética preliminar de este ensayo muestra que las roturas espontáneas requieren pero no , mientras que las roturas inducidas requieren ambos genes, en concordancia con estudios previos. Este ensayo será útil en el campo de la reparación del daño del ADN para estudiar mecanismos de deleciones intra-cromosómicas.