Para abordar la heterogeneidad y complejidad urbana, se han propuesto varios índices, que comúnmente tienen como objetivo proporcionar información para los tomadores de decisiones. En este estudio, proponemos un procedimiento novedoso y personalizable para cuantificar la integridad del ecosistema urbano. Basado en un enfoque a nivel de ciudad, desarrollamos un índice fácil de usar que contrasta variables físicas y biológicas de los ecosistemas urbanos con un sistema de referencia dado. El Índice de Integridad del Ecosistema Urbano (IIEU) es la suma de los promedios de las variables que componen su intensidad de urbanización y componentes biológicos. Aplicamos el IIEU en una ciudad tropical mexicana utilizando la temperatura de la superficie terrestre, la cobertura construida y la riqueza de plantas y aves nativas. La integridad general del ecosistema de la ciudad, teniendo como sistemas de referencia los bosques montanos de nubes, secos tropicales y templados, fue baja (-0.34 +/- SD 0.32), mostrando que, más allá de su red de espacios verdes biodiversos, la estructura construida difiere mucho de los ecosistemas de referencia. El IIEU demostró ser una herramienta flexible y fácil de calcular para evaluar la integridad del ecosistema en las ciudades, permitiendo comparaciones entre ciudades, así como entre sectores/regiones dentro de las ciudades. Si se utiliza correctamente, el índice podría convertirse en una herramienta útil para la toma de decisiones y la asignación de recursos a nivel de ciudad.