Un enfoque de red neuronal para el análisis de perfiles de Ribo-Seq reproducibles
Autores: Giacomini, Giorgia; Graziani, Caterina; Lachi, Veronica; Bongini, Pietro; Pancino, Niccolò; Bianchini, Monica; Chiarugi, Davide; Valleriani, Angelo; Andreini, Paolo
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Un enfoque de red neuronal para el análisis de perfiles de Ribo-Seq reproducibles
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Ingeniería de Software
Palabras clave
Perfilado de ribosomas
Ribo-seq
Proceso de traducción
Fragmentos de ARNm
Marco de lectura abierto
Análisis estadístico
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 45
Citaciones: Sin citaciones
En los últimos años, la técnica de perfilado de ribosomas (Ribo-seq) ha surgido como un método poderoso para monitorear globalmente el proceso de traducción in vivo con resolución de un solo nucleótido. Basado en el secuenciamiento profundo de fragmentos de ARNm, el Ribo-seq permite obtener perfiles que reflejan el tiempo que los ribosomas pasan traduciendo cada parte de un marco de lectura abierto. Lamentablemente, los perfiles producidos por este método pueden variar significativamente en diferentes configuraciones experimentales, caracterizándose por una baja reproducibilidad. Para abordar este problema, hemos empleado un método estadístico para la identificación de perfiles de Ribo-seq altamente reproducibles, que fue probado en un conjunto de genes. Se han utilizado modelos de redes neuronales artificiales de última generación para validar la calidad de las secuencias producidas. Además, se han proporcionado nuevas perspectivas sobre la dinámica de la traducción del ribosoma a través de un análisis estadístico de las secuencias obtenidas.
Descripción
En los últimos años, la técnica de perfilado de ribosomas (Ribo-seq) ha surgido como un método poderoso para monitorear globalmente el proceso de traducción in vivo con resolución de un solo nucleótido. Basado en el secuenciamiento profundo de fragmentos de ARNm, el Ribo-seq permite obtener perfiles que reflejan el tiempo que los ribosomas pasan traduciendo cada parte de un marco de lectura abierto. Lamentablemente, los perfiles producidos por este método pueden variar significativamente en diferentes configuraciones experimentales, caracterizándose por una baja reproducibilidad. Para abordar este problema, hemos empleado un método estadístico para la identificación de perfiles de Ribo-seq altamente reproducibles, que fue probado en un conjunto de genes. Se han utilizado modelos de redes neuronales artificiales de última generación para validar la calidad de las secuencias producidas. Además, se han proporcionado nuevas perspectivas sobre la dinámica de la traducción del ribosoma a través de un análisis estadístico de las secuencias obtenidas.