Las técnicas de secuenciación masiva nos han permitido desarrollar enfoques sencillos para la secuenciación del genoma completo de virus, incluidos los virus de la influenza, generando información que es útil para mejorar los niveles y dimensiones del análisis de datos, incluso para muestras archivadas. Utilizando la plataforma Nanopore, determinamos la secuencia del genoma completo de un virus de influenza equina H3N8, identificado en un brote de 2005 en Apulia, Italia, cuyo origen había permanecido epidemiológicamente inexplicado. El virus estaba estrechamente relacionado (>99% a nivel de nucleótido) en todos los segmentos del genoma con virus identificados en Polonia entre 2005 y 2008 y aparentemente fue introducido localmente con el comercio de caballos para la industria de la carne. En el análisis filogenético basado en los ocho segmentos del genoma, se encontró que la cepa ITA/2005/caballo/Bari se agrupaba con la sub-línea Florida 2 en los genes HA y M, mientras que en los otros genes se agrupaba con cepas de la línea euroasiática, revelando una naturaleza multi-reasignante.