Con la incidencia de las floraciones algales nocivas (FAN) aumentando en los últimos años, la demanda urgente de detección de ácido domoico (DA), una toxina amnésica de los mariscos principalmente producida por algas de marea roja, ha despertado creciente atención. Los aptámeros, un nuevo elemento de reconocimiento molecular, proporcionan claridad en el monitoreo de DA. En este estudio, los aptámeros de DA fueron seleccionados con éxito mediante Capture-SELEX. A través de la identificación y optimización de truncamiento, se obtuvo el aptámero C1-d con una alta afinidad (valor, 109 nM) y alta especificidad para DA. El mecanismo de unión entre DA y el aptámero fue explorado mediante acoplamiento molecular y simulación de dinámica molecular (MD), revelando los sitios críticos para la interacción DA-aptámero. Mientras tanto, se construyó un aptasensor basado en BLI por C1-d, que mostró un rango lineal de 0.625 a 10 M y un límite de detección de 13.7 nM. Este aptasensor exhibió alta especificidad, buena precisión y repetibilidad, y altas tasas de recuperación para muestras reales; el proceso de detección podría completarse en 7 min. Este estudio es el primero en identificar e investigar el mecanismo de unión de la interacción DA-aptámero y construir un aptasensor basado en BLI para DA, lo que sienta una base teórica para la detección y prevención de DA.