La palmera de Cabo Verde tiene una importancia ecológica y cultural significativa dentro del archipiélago de Cabo Verde. Sin embargo, su distintividad genética ha sido cuestionada debido a su estrecha relación y similitud morfológica con la palmera datilera. En este estudio, utilizamos un conjunto de muestras ampliado, 18 marcadores de repeticiones en tándem simples (SSR) y un minisatélite plastidial para caracterizar en Cabo Verde e investigar su relación con otras especies. Nuestros hallazgos identifican marcadores genéticos que diferencian el acervo genético, incluyendo un alelo fijo único. También proporcionamos evidencia de la reciente divergencia de las poblaciones de palmeras datileras del norte de África, sugiriendo una colonización relativamente reciente de Cabo Verde por palmeras. Además, caracterizamos la composición genética de las poblaciones de palmeras en tres islas de Cabo Verde, concluyendo que las muestras silvestres de ciertas poblaciones en Boavista y Sal son las más adecuadas para establecer un banco de semillas y/o germoplasma para esfuerzos de replantación, representando un paso crucial para la conservación del patrimonio natural de Cabo Verde. En general, nuestros resultados mejoran la comprensión de las trayectorias históricas y la caracterización genética de las palmeras en África, ofreciendo valiosos conocimientos para las estrategias de conservación.