Los errores de fabricación de rodamientos de rodillos han demostrado ser factores críticos que afectan las vibraciones de los sistemas de engranajes. La ondulación es una de las principales formas de error de fabricación que afecta el rendimiento operativo y la vida útil de los rodamientos. Sin embargo, la mayoría de los estudios anteriores no incorporaron completamente los efectos de la ondulación desigual de los rodamientos en las vibraciones del sistema de engranajes flexible. Para caracterizar la contribución de la ondulación desigual de los rodamientos en las vibraciones del sistema de engranajes, se estableció un modelo de dinámica de sistema de transmisión de engranajes considerando la flexibilidad del eje. Se compararon el modelo de ondulación sinusoidal uniforme (SWM) y el modelo de ondulación sinusoidal desigual considerando el contacto variable en el tiempo (SWMS). Se consideraron las influencias de las excitaciones de rigidez de engranaje de malla variable en el tiempo y las flexibilidad de los ejes en las vibraciones del sistema de engranajes. Se estableció un modelo dinámico y se compararon las vibraciones del sistema de engranajes flexible con el SWM y el SWMS. Se analizaron las vibraciones inducidas por diferentes amplitudes y órdenes de ondulación de los rodamientos. Cabe destacar que la ondulación del rodamiento tiene una gran influencia en las vibraciones del sistema. Las vibraciones del sistema de engranajes flexible se intensificaron con el aumento del orden y la amplitud de la ondulación del rodamiento. Las vibraciones del sistema de engranajes con el SWMS fueron mayores que las del SWM. Este artículo introduce un modelo de modelado dinámico alternativo que permite el análisis de vibraciones del sistema de engranajes flexible con ondulación uniforme y desigual de los rodamientos.