El empalme alternativo (AS) es un mecanismo regulador post-transcripcional crucial que contribuye a la complejidad y versatilidad del proteoma en diferentes especies de plantas. Sin embargo, no se ha informado sobre la exploración detallada del AS en el algodón diploide durante el desarrollo de la fibra. En este estudio, analizamos comparativamente los eventos de AS durante el desarrollo de la fibra utilizando datos de transcriptoma e identificamos 9690 y 7617 eventos de AS que se distribuyeron en 6483 y 4859 genes, respectivamente. tuvo más genes de AS y eventos de AS que , y la mayoría de los genes de AS se distribuyeron en ambos extremos de los 13 cromosomas en ambas especies de algodón diploide. Cuatro tipos principales de AS, incluyendo IR, SE, A3SS y A5SS, fueron todos validados experimentalmente a través de ensayos de RT-PCR. y solo tuvieron 1888 genes de AS en común, lo que representa un tercio y la mitad del número total de genes de AS, respectivamente. Además, encontramos un gen que codifica una demetilasa específica de lisina con un mecanismo de AS diferente en y , en el cual los isoformas de AS carecían de parte de un dominio conservado clave. Nuestros hallazgos pueden proporcionar nuevas direcciones para el descubrimiento de genes funcionales involucrados en la diferenciación de especies de algodón.