En el problema de reconciliación, se nos dan dos árboles filogenéticos. Un árbol de especies representa la historia evolutiva de un grupo de especies, y un árbol de genes representa la historia de una familia de genes relacionados dentro de estas especies. Una reconciliación mapea los nodos del árbol de genes a los puntos correspondientes del árbol de especies, y así ayuda a interpretar la historia de la familia de genes. En este artículo, estudiamos el caso en el que ambos árboles no están enraizados y sus longitudes de borde son conocidas exactamente. El objetivo es enraizarlos y encontrar una reconciliación que concuerde con las longitudes de los bordes. Mostramos un algoritmo de tiempo lineal para encontrar el conjunto de todas las posibles ubicaciones de raíz, lo cual es una mejora significativa en comparación con el algoritmo anterior.