Los microorganismos asociados con las plantas juegan un papel crucial en su crecimiento, desarrollo y salud general. Sin embargo, aún queda mucho por aclarar respecto a la importancia relativa de la identidad de las especies de árboles y la variación espacial en la configuración de la distribución de las comunidades bacterianas de las plantas en grandes regiones tropicales, así como cómo estas comunidades responden a los cambios ambientales. En este estudio, nuestro objetivo fue elucidar las características de la composición de la comunidad bacteriana en asociación con dos especies de árboles tropicales raras y en peligro de extinción, en diversas ubicaciones geográficas en la Isla de Hainan. Nuestros hallazgos se pueden resumir de la siguiente manera: (1) Existieron diferencias significativas en la composición bacteriana entre las especies, como se observó en la diversidad de las poblaciones bacterianas dentro de la endosfera radicular. Variables relacionadas con el hospedador vegetal, como el contenido de nitrógeno, surgieron como impulsores clave que influyen en las composiciones de las comunidades bacterianas de las hojas, subrayando el impacto sustancial de la identidad de la planta en la composición bacteriana. (2) Los factores ambientales asociados con las ubicaciones geográficas, incluyendo la temperatura y el pH del suelo, impulsaron predominantemente los cambios en las composiciones de las comunidades bacterianas tanto de las hojas como de las raíces. Estos hallazgos subrayaron la influencia de las ubicaciones geográficas en la configuración de las comunidades bacterianas asociadas a las plantas. (3) Un análisis adicional reveló que las ubicaciones geográficas ejercieron una mayor influencia que la identidad de las especies de árboles en las composiciones y diversidad de las comunidades bacterianas. En general, nuestro estudio subraya que las variables ambientales vinculadas a la ubicación geográfica dictan principalmente los cambios en la composición de la comunidad bacteriana de las plantas. Estos conocimientos contribuyen a nuestra comprensión de la biogeografía microbiana en regiones tropicales y tienen implicaciones significativas para la conservación de árboles tropicales raros y en peligro de extinción.