Los Vehículos Aéreos No Tripulados (VANT) son una herramienta ampliamente utilizada para monitorear hábitats de aguas poco profundas. Un problema recurrente al realizar monitoreos basados en VANT de hábitats sumergidos es la recolección de datos de verificación en el terreno necesarios como muestras de entrenamiento y validación para la clasificación de imágenes aéreas, así como para la identificación de información ecológicamente relevante, como el límite de profundidad de la vegetación. Para abordar estas limitaciones, se desarrolló un sistema de carga útil para recolectar datos subsuperficiales en forma de videos y mediciones de profundidad. En un área de estudio de 7 ha, se recolectaron 136 observaciones puntuales que se utilizaron posteriormente para (1) entrenar y validar la clasificación basada en objetos de imágenes aéreas, (2) crear un mapa de distribución de clases basado en la interpolación de observaciones puntuales, (3) identificar información ecológicamente relevante adicional y (4) crear un mapa de batimetría del área de estudio. La clasificación basada en muestras de verificación en el terreno logró una precisión general del 98% y coincidió en un 84% con el mapa de distribución de clases basado en la interpolación de puntos. Se registró información ecológicamente relevante adicional, como el límite de profundidad de la vegetación, y se creó un mapa de batimetría del sitio de estudio. Los hallazgos de este estudio muestran que el monitoreo de aguas poco profundas basado en VANT puede mejorarse aplicando la herramienta propuesta.