Los ecosistemas marinos antárticos experimentan enormes cambios, presumiblemente debido al cambio climático y la pesca. Los vehículos aéreos no tripulados (VANT) tienen un potencial sin precedentes para medir estos cambios al mapear especies indicadoras como los pingüinos, incluso en áreas remotas. Utilizamos un VANT de ala fija alimentado por batería para realizar un estudio de colonias a lo largo de un tramo de 30 km de la costa remota del suroeste de la isla Rey Jorge y la isla Nelson noroeste (Islas Shetland del Sur, Antártida) durante el verano austral 2016/17. Con múltiples vuelos, cubrimos una distancia total de 317 km. Determinamos la posición exacta de 14 colonias de pingüinos de barbijo, incluidas dos pequeñas colonias desconocidas, con una abundancia total de 35,604 adultos. Para modelar el número de nidos ocupados en función del número de adultos contados en las imágenes del VANT, utilizamos datos derivados de imágenes terrestres en lapso de tiempo. La comparación con estudios anteriores reveló una disminución en la abundancia total de nidos ocupados. Sin embargo, también encontramos cuatro colonias de pingüinos de barbijo que han crecido desde la década de 1980, en contra de la tendencia general en las Islas Shetland del Sur. Los resultados demostraron la idoneidad del uso de VANT de ala fija pequeños y ligeros con motores eléctricos para mapear colonias de pingüinos en áreas remotas de la Antártida.